用简单的话说，杀毒引擎就是一套判断特定程序行为是否为病毒程序(包括可疑的)的技术机制。杀毒引擎是杀毒软件的主要部分，是去检测和发现病毒的程序。而病毒库是已经发现的病毒的标本。用病毒库中的标本去对照机器中的所有程序或文件，看是不是符合这些标本，是则是病毒，否就不一定是病毒(因为还有很多没有被发现的或者刚刚产生的病毒)。
杀毒引擎与要将非自身程序行为过程转化为杀毒软件自身可识别的行为标识符(包括静态代码等)，然后与病毒库中所存贮的行为信息进行对应，并作出相应处理。当然必须承认，当前的杀毒软件对大量病毒的识别都是在这个阶段完成的。因此一个足够庞大的病毒库往往能够弥补杀毒软件引擎的不足之处。但是必须意识到，如果在核心层阶段就可以结束并清除病毒程序，那么杀毒软件的工作速度将会大幅提升。“很可惜的是，当前我们没有足够聪明的杀毒引擎来完成这个过程”，这就是为什么有病毒库的原因。
一般来说，判断杀毒引擎好坏应从多方面综合考虑，主要包括：扫描速度、资源占用、清毒能力、对于多态病毒的检测，脱壳能力、解密能力、对抗花指令能力、对抗改入口点的变种病毒的能力等对抗变种病毒、免杀的能力，还有稳定性、兼容性。
