CNNIC认为，网络商务应用仍然受到各种安全因素的困扰。CNNIC调查发现，仅2010年上半年，就有59.2%的网民在使用互联网过程中遇到过病毒或木马攻击；30.9%的网民账号或密码被盗过。
杀毒软件公司360安全中心认为，盗版软件安装率高而导致漏洞增加是我国网络安全容易被侵犯的原因之一，而受到病毒产业链利益驱动，木马等对计算机安全的破坏强度越来越大，而通过木马控制用户电脑的人往往是以非法获取财物为目的，这对于利用互联网进行商务行为的人来说构成很大的安全威胁。中国互联网要从网络娱乐走向网络商务的深层次的应用与发展，网络安全问题成为首要制约因素。
以广东为例，杀毒软件公司360安全中心提供的数据显示，已遭受约1.5亿次木马攻击，居国内各省市之首，按照广东近5000万网民数计算，平均每个广东网民在过去半年间受到3次木马威胁。 广东网民消费能力强，网上支付、购物和网游的普及率高，导致其电脑成为木马最热衷的攻击目标。
